Batman: Return of the Joker является своеобразным продолжением первой части игры. Сюжет здесь полностью выдуман создателями и не основан на фильмах о Бэтмене. Как вы наверно знаете Джокер упав с крыши высокой колокольни разбился насмерть, но не в этой игре. Каким-то удивительным образом он смог выжить и теперь мечтает поквитаться с Бэтменом и подчинить себе весь город Готэм. Основным нововведением в данной игре можно считать вооружение главного героя. Теперь вместо бэтарангов, гарпунов, а также рукопашного боя Бэтмен будет использовать различное фантастическое огнестрельное оружие. Как уже сложилось по традиции, в концовке каждого уровня вы встретитесь с одним из боссов, а в финале с самим Джокером.
