Alien Soldier представляет собой боевик из разряда "беги и стреляй". Игровые события происходят в 2015 году. Группа Scarlet, в состав которой входят существа с изменённой генетикой, ограничила доступ жителей Земли в космос. Люди смогли захватить главаря этой группы, именуемого Epsilion-Eagle и отправили его в генную лабораторию для детей с необычными способностями. Тем временем власть в группировке захватило ещё более злое существо Xi-Tiger. Он собирается проникнуть в лабораторию и напасть на Epsilion-Eagle, который сейчас находится в виде паразита на теле мальчика. Добравшись до места, Xi-Tiger взял в плен заложницу и угрожая расправится с ней, требует чтобы Epsilion покинул тело парня. Доброта хранящаяся в мальчике, победила зло и в тот же момент он превратился в человекообразного орла. Tiger немедля расправился с заложницей и бесследно исчез. Теперь орла, некогда бывшего простым парнем тянет к справедливости и он поставил перед собой цель уничтожить всех злодеев!